道辻です。

現在EntityFrmeworkを使用していて問題にあたりました。
それは、旧バージョンから新バージョンDBにアクセスするとエラーが発生するのです
新バージョンで旧バージョンならmigrationで勝手にDBをアップデートしてくれますが
旧から新はDBのバージョンがうんぬんでまったくアクセスできなくなります。
普通に考えれば旧バージョンから新バージョンにアクセスするなんて変な話ではありますが
装置などで24/7動かすソフトではあり得る話でした。
はやりのWebアプリでは全く必要の無い機能だと思います。
Webアプリのアップデート時にはアクセス不可にしサーバー、クライアント両方のソフト
をアップデートし、クライアントアクセス時には必ず最新版にするので、この機能が無いのは
普通だと思いました。
逆にアクセスできないのでアップデートされていないので更新してくださいというエラーを出す
ようにもできると思います。

結局解決するために、LinqToSqlの方でDB操作を行う事にしました。
DBを更新する場合はDBとテーブルを合わせないといけないため保守は大変になりました。