こんにちはmtjです。

ソフトでは内部のソースまではわかりません

普通に動いていれば何も問題ないのでソースが汚かろうが、綺麗だろうがお客さんには関係ありません。
ではどんな時にソースの汚さで問題になるかというと基本は異常時と変更時です。

異常時の場合はソースが複雑な方が修正が長引き修正による不具合も起きやすくなります。
変更時は変更箇所が多くなったり多い分テスト、手戻りも多くなり費用が必要になります。

では汚いソースで行う利点は何かというと考える時間がいらない分速度が速い＝安いということです。
もちろん上手く行けばの話ですが設計、共通化の検討等もしないため手戻りがなければかなり早くなると思います。

もちろんですが上記は小さいソフトならばの話です、大きくなればなるほど共通化による同じようなコードがなくなっていくので基本は設計もコードも綺麗なほうがはやくなります。

只お客さんから見ると金額と仕様書のみなのでそういった後々の部分については頼む側からすれば全くわからないのが現状です。
頼むときの指標にするためにソフト開発のレベルを測るための指標が何かあるといいのかもしれません。